Pelaksanaan Assesment dan Audit Mutu Internal merupakan bagian tak terpisahkan dari pelaksanaan SPMI. SPMI yang merupakan kepanjangan dari Sistem Penjaminan Mutu Internal adalah kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi secara otonom untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan, yang direncanakan, dilaksanakan, dievaluasi, dikendalikan, dan dikembangkan oleh perguruan tinggi. Untuk mengetahui sejauh mana pelaksanaan standar SPMI pada program sarjana maka Lembaga Penjaminan Mutu IAIN Kudus melaksanakan Asessmen dan Audit Mutu Internal pada 15 Prodi  di lingkungan IAIN Kudus Tahun Anggaran 2020 yaitu : Fakultas Tarbiyah : Prodi PAI, PBA, PGMI, PIAUD, Tadris IPA, dan Tadris Bahasa Inggris; Fakultas Syariah : Prodi HKI dan HES; Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam : Prodi ES, MBS dan MZW; Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam : Prodi BKI, KPI; dan Fakultas Ushuluddin : Prodi IQT dan TP.  

Asesmen dilaksanakan oleh Tim Gugus Penjamin Mutu, pada bulan Agustus 2020. Pada Asesmen ini digunakan instrumen yang telah disusun oleh Kepala Pusat Audit Mutu Internal. Setelah Asesmen diperoleh gambaran riil implementasi SPMI pada Fakultas dan Program studi. Hasil GPM tersebut dijadikan acuan pada pelaksanaan Audit Mutu Internal dilaksanakan pada tanggal 9-14 September 2020 bertempat di 5 (lima) Fakultas di lingkungan Institut Agama Islam Negeri Kudus. Audit Mutu Internal berfokus pada sejumlah temuan dari 15 program studi yang dipandang perlu ditindaklanjuti untuk menemukan akar masalah kondisi/temuan dengan kategori ketidaksesuaian (KTS) yang dipandang cukup beresiko terhadap nilai akreditasi, dan kemudian dicari solusi bersama serta upaya perbaikan dan penyelesaiannya dengan cara memenuhi dokumen-dokumen yang dapat ditunjukan oleh pihak auditi pada saat audit.

Di akhir rangkaian kegiatan ini dlaksanakan FGD Hasil Asesmen dan Audit Mutu Intenal dalam Rapat di Dalam Kantor yang melibatkan stakeholder dan seluruh UPPS, dilaksanakan dalam 6 hari dari tanggal 22 sampai dengan tangaal 29 September 2020.

Melalui kegiatan audit mutu internal yang diselenggarakan secara rutin setiap semester oleh Lembaga Penjaminan Mutu IAIN Kudus diharapkan dapat menjadi cerminan sekaligus bahan evaluasi diri bagi masing- masing program studi yang dapat dijadikan sebagai bahan pijakan dalam proses perbaikan-perbaikan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam dalam memenuhi standar akreditasi berbasis 9 kriteria BAN-PT.