Sesuai dengan PMA Nomor 33 Tahun 2018 tentang ORTAKER IAIN KUDUS pasal 60-61, Tugas pokok dan fungsi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) IAIN Kudus adalah mengoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, LPM menyelenggarakan fungsi:
a. penyusunan rencana program dan anggaran;
b. pengembangan mutu akademik;
c. pelaksanaan audit, pemantauan, dan penilaian mutu akademik;
d. pelaksanaan evaluasi dan laporan; dan
e. pelaksanaan administrasi lembaga.
Struktur organisasi LPM terdiri atas; Ketua, Sekretaris, Kepala Pusat dan Subkoordinator Tata Usaha.
Ketua mempunyai tugas memimpin Lembaga dan mengelola sistem penjaminan mutu internal Institut berdasarkan kebijakan Rektor.
Sekretaris mempunyai tugas memberikan dukungan administrasi, evaluasi, dan laporan sesuai dengan kebijakan Ketua.
Kepala Pusat mempunyai tugas melaksanakan pengendalian, audit, pemantauan, penilaian, dan pengembangan mutu
akademik.

Subkoordinator Tata Usaha mempunyai tugas melakukan layanan administrasi, perencanaan, keuangan, kepegawaian, ketatausahaan, dan kerumahtanggaan pada LPM.